São Padre Pio era sem dúvidas um homem santo, que carregava em si extraordinários dons e virtudes, sendo o mais notável os seus estigmas. Suas chagas era de conhecimento público, contrariando os esforços que ele tinha por ocultá-las, entretanto uma delas foi mantida escondida dos olhares curiosos e revelado somente á outro Santo de seu tempo, São João Paulo II.
São Pio tinha vergonha de suas chagas, não por achar algo repugnante, mas por acreditar ser indigno de tamanha graça. Desta maneira tentou de todas as formas mantê-las ocultas para que assim as pessoas não o tratassem como um santo, mas apenas como um frei.
Embora não tenha conseguido esconder suas chagas por muito tempo, principalmente a das mãos por estar presente em um lugar mais visível, conseguiu ocultar de todas as pessoas, incluindo seus irmãos de convento uma de suas feridas mais dolorosas a que estava aberta em seu ombro.
Essa chaga foi causada pelo peso que Jesus carregou em seus ombros no momento que levava a Cruz no caminho do Calvário e esta mesma foi entregue a Padre Pio como expiação pelos pecados do mundo inteiro, realizando assim o pedido feito pelo Santo a Jesus de querer salvar as almas pecadoras.
Quem descobriu que Padre Pio convivia com essa chaga foi o Irmão Modestino de Pietrelcina, porém seu conhecimento sobre esse assunto foi adquirido somente após a morte do Santo. Modestino relata que em algumas conversas Pio falava da dor que tinha em seu ombro, sendo até torturante o momento que tinha que trocar as vestes, mas o Irmão não ligou essa dor a uma possível chaga.
O único a quem Padre Pio confiou a informação sobre a existência dessa chaga foi para ao Padre Karol Józef Wojtyła, onde além de contar sobre sua ferida mais dolorosa, também profetizou que Padre Karol seria o futuro Papa.